网吧违规接纳未成年人、超时营业和未落实上网登记实名制等问题较为突出，为此政府出台各种网吧管理方案，从消防，监控，环境卫生等各个方式加强对网吧的要求，无形中就增加了网吧营业成本与负担。
过多的执法部门管理网吧，带来的典型问题是黑网吧越来越多，开黑网吧不仅成本很低，很多税也是可以逃过的，所以黑网吧的上网费用很低，电脑配置也能满足大家的上网需求，加大了正规网吧的竞争压力。
网吧行业困境主要表现在个体网吧，无论从环境还是配置都不及连锁网吧，政府又支持连锁网吧经营，那些机器配置高、服务态度好、装修美观的连锁网吧，生意普遍较好，这方面压力是更大的。
近几年网吧行业频繁发生网吧侵权的案件，此起彼伏的网吧影视维权，网吧游戏维权纠纷层出不穷，大量网吧因为影视提供商提供的内容存在盗版而连带侵权，被法院判决赔偿版权人不菲金额，甚至出现专业的以打网吧版权官司而生存的人或公司，给网吧造成很大的负担。
