风冷散热器的吸热/导热/散热部件通常都是不可拆卸的一体，虽然总体积较小，但容易受到主板布局和机箱空间的限制。而水冷系统的吸热部件（冷头）、导热部件（水管和水冷液）、散热部件（冷排）都是各自分离的，能通过柔软的水管互相连接灵活布局。安装在主板上的冷头体积比高塔式风冷散热器小很多，也极少与周边的其他部件产生冲突。水冷系统凭借体积分散的先天优势，有时能比风冷系统更合理的利用机内零碎空间，基本不受主板布局的限制，风道也更灵活。
比如：水冷可以把冷排等大件装在机身外，这样即使是很小的机箱，也能轻松安装发热巨大的高端配置。而且，机箱内冷头和水管所占的空间要比高塔式风冷散热器更小，改为水冷后机箱内部空间反而增加，还能兼顾静音。
受主板布局限制，发热量大的中高端显卡往往只能配备占用双槽的侧吹风冷散热器，风道很长，这不是一种高效的散热方式。特别是双卡甚至三卡交火/ SLI时，各卡之间容易互相挡风，散热形势将更加严峻。追求效能的第三方风冷散热器，几乎都要占用更多的空间和主板插槽，很可能把你有用的主板插槽也给挡掉。而显卡的全覆盖水冷散热器，大都可以轻松做到含显卡只占一槽，这样就能腾出更多的插槽给其他板卡使用。
